1 控制污染源
造成水库污染以及发生富营养化的外在因素，主要是点源污染和面源污染两方面，因此控制这两方面的污染源是解决问题的根本所在。
1)点源污染的控制。水库周边城镇直接向水库排污，导致水库受到污染，使其水质超标，以致发生富营养化，是根本原因。因此，严格控制点源污染，大幅度消减污染物排放量，做到达标排放，是解决问题的根本。
2)面源污染的控制。水库上游农业生产及村镇牲畜粪便、生活垃圾、水土流失等面源污染，也是造成水库污染以及产生富营养化的主要原因之一。面源污染的控制，包括农田建设、水土保持、合理施肥、村落综合整治、上游鱼塘改造、推广绿色农业等多方面，是一项系统工程。
2 内源治理
多年的污染，加之水土淤积，在水库底部已经形成了一个源源不断排放污染物的内在污染源。水库富营养化的发生，与内源的污染也是息息相关的。目前内源治理的方法也比较多，比如底泥机械清淤、投放药品抑制污染物排放、水库放流后阳光暴晒底泥等。
内源污染，不仅仅表现在底泥排放污染物方面，被污染的水体本身，也是一个污染源。因此，采用引水稀释、水体交换的方法治理水库水体富营养化，在国内外也经常被采用。
3 生物治理
利用生物治理的方法，如养殖一些虑食性鱼类及食藻微生物，如鲢鱼、草鱼等，利用其食藻治污去除氮磷，也是一种很好的治理方法，可以化害为利，达到去除污染 的目的。实验证明．在武汉东湖采用生物治理的方法，当湖水中鲢鱼和鳙鱼的密度达到50 g／ms，能有效控制东湖”水华”现象的产生。
4 混凝除磷
美国和澳大利亚等国家采用投加混凝剂的方法，效果很理想。其原理是混凝剂与磷反应沉淀，使磷不被藻类所利用，从而抑制了藻类的生长。常用的混凝剂有铁、铝等盐类。但是该法也存在大量使用盐类时，可能与其它物质发生反应，具有一定的潜在风险，要慎重采用。
5 生态修复
生态修复所涉及到的领域较多，涉及到气象学、地理学、生物学、动力学、环境学等领域多个学科，应用生态学治理水库水体富营养化，目前在我国的太湖、巢湖、滇池及武汉东湖已经积累了丰富的经验，并取得了阶段性的科研成果。