1 农田水利设施建设不受重视
要想实现农田水利设施的良好效益，就需要能够重视农田水利设施的建设，要想实现水利工程设施的长足性使用，就需要能够完善农田水利设施的建设工作。
然而，从具体的实践建设过程来看，部分农村地区，由于思想观念不到位，没有意识到农田水利建设对整个农村经济与社会稳定发展的重要作用，也没有在农田水利 的建设过程中谨慎、仔细的修建，使得农田水利设施建设不够完善，没有做好引入优秀技术设备的工作，使得农田水利设施没有发挥自身的良好效用。因此，这种不 重视农田水利设施建设的观念严重阻碍了农田水利设施的建设与完善工程。
2 农田水利修建资金不足
要进行农田水利设施修建首先就需要能够具有足够资金支持，只有充足的资金才能够有效保证农田水利修建的完善建设。
然而，目前存在的一个问题是农田水利设施修建没有较为充足的资金、没有足够的投入。所以，这是阻碍农田水利设施修建最重大的问题。造成农田水利设施修建缺 乏资金的主要原因在于农村的经济本来就不繁荣，就使得农村政府的财政收入较低。既然农村的财政收入低了，其农田水利设施修建的财政支出也就更低了。
农田水利设施建设不仅在修建的基础上需要足够的资金，在长期使用的过程中，还需要能够不断改造、不断完善的费用支持。因此，正源于资金的缺乏，就使得农田水利设施修建得不到有效保证。
3 农田水利设施建设成效较低
农田水利设施建设是为了更好的实现农业经济发展而进行的工程修建活动，目前部分农村地区也已经开始了广泛修建农田水利工程。然而，从修建的结果来看，农田 水利设施建设的成效较低，没有充分利用水利工程设施的先进性，也没有实现农田水利设施的科学性运用。从资源利用上来讲，虽然进行农田水利设施建设，但没能 够实现水资源与土地资源的良好运用，仍存在着水土资源浪费的现象。虽然进行了一些灌溉工程修建，但该工程的调水能力也不是很高。
另外，从整个农村经济的发展来讲，农田水利设施建设对经济发展的带动作用也没有明显的凸显出来。所以，农田水利设施建设成效不高也是现阶段存在着一个重要问题。
4 农田水利设施建设对环境造成影响
水利工程是用于控制和调配自然界的地表水和地下水，达到除害兴利目的而修建的工程，也称为水工程。农田水利设施建设活动是自古就有的，其目的是为了改造自 然，造福人类。“祸兮，福之所倚；福兮，祸之所伏”，由于农田水利工程建设是一种改造自然的人类活动，所以，其必定会对生态环境产生了巨大的影响。所以， 为了兼顾两者利益，就应该在实际施工过程中合理、适当的进行水利建设，从而避免或减轻对生态环境的影响。