水利工程管理中存在的问题主要是：水利工程管理体制不顺，水利工程管理单位(以下简称水管单位)机制不活，水利工程运行管理和维修养护经费不足，供水价格形成机制不合理，国有水利经营性资产管理运营体制不完善等。
这些问题不仅导致大量水利工程得不到正常的维修养护，效益严重衰减，而且对国民经济和人民生命财产安全带来极大的隐患，如不尽快从根本上解决，国家近年来相继投入巨资新建的大量水利设施也将老化失修、积病成险。因此，推进水管体制改革势在必行。