现代防洪堤工程在规划设计阶段，开始对工程所能创造的生态效益开始进行衡量，传统的规划设计多局限于对工程经济效益的考虑，随着生态效益在堤防工程领域的 提出，也充分的证明了堤防工程建设已具有生态环保意识。此外在规划过程中，防洪堤工程不应不限于工程本身，要考虑整个河道的生态环境，规划设计既要考虑工 程上下游的环境保护问题，规划设计应该是对整个河道生态群落系统的规划。现代堤防工程勘察工作应更为全面，在勘察过程中将生态系统、生态群落与水域沿岸生 态环境质量作为勘察工作的具体内容，不仅仅是对地质水文环境的勘察。
现代防洪堤工程布置堤防时，不应出于经济效益的考虑，将河道予以曲直，降低河 道建设投资成本，而应在布置河道时尽量考虑维护河道的原貌，这样才能避免认为施工对水域生态系统所造成的人为破坏。按照相关原则规定确定提防间距，保证水 工能够协调生态保护和行洪之间的矛盾，确保土地开发利用与水资源利用之间的关系平衡。不但要保证河道行洪能够满足相关要求，同时还应当预留一定的浅滩跨度 以及植被生长空间，这是保护河流生物系统的基础，也能够有效的保留河流自洁能力。渗透稳定以及滑动稳定是堤型选择的基本安全原则之一，除此之外，生态保护 以及生态恢复也是堤坝选型的基本要求，本地材料的选择以及缓坡结构的使用能够提供良好的植被生长空间，使得河流侧向联通性能良好。
河流断面设计时，应按照自然河道纵、横断面的多样性变化特征，尽量避免河床的平坦化，采用非规则断面，浅滩与深潭相间。有助于增加与生物的亲和力及与自然 风景相协调。在对岸坡防护工程进行工程设计时，在满足基本安全防护功能的基础上，不能一位求新，应在权衡工程周围环境的前提下，选择与周围环境景观相协调 的岸坡防护工程。在城市水域整治的景观建设中，应强调保留江河湖泊天然的美学价值，应更多注重生物栖息地建设，避免将水流置于过多的亭台楼阁等混凝土与砌 石形成的人工环境之中。为降低施工环境对生态系统的冲击，保障工程效果的实现，并延长生态工程的寿命，应加强生态工程的前期养护和后期管理，包括维护、监 测和评估，并积累数据和经验。