据了解，新鲜沼液中含有硫化氢等气体物质、发酵不完全的固体废物、重金属、氮元素、磷元素等有害物质;同时以动物粪便为原料的沼气工程产生的沼液大部分酸性偏重，直接排出对周边环境危害很大。

2012年，《华商报》曾报道了安康市汉滨区江北办事处内阳晨农业示范园沼液外泄事件，沼液随雨水污染了附近刘家沟村水源，当地百余名群众饮用水受到影响。

沼液中含有的氮、磷等元素有利于农作物的生长，因此，常被用在农田中。然而，董仁杰指出，未经处理的沼液对植物可能存在毒化作用。“沼液中含有吲哚乙酸，还有一些其他的植物生长激素，植物生长激素的在低浓度的时候对植物有利，在高浓度的时候，对植物有害。美国人用沼液做过试验，30%的沼液是对植物有害的。所以沼液必须经过稀释才能使用。

作为养殖业的回冲液也是沼液利用的一种方式，但在使用之前必须经过灭菌处理。沼液中含有多种病菌，未经灭菌处理的沼液直接回冲到猪栏或者牛栏，会造成各种疾病的传播，危害不容小觑。

沼渣中的有机质和腐殖酸，可以起到改善土壤的作用，未腐熟原料施入农田发酵可以释放养分。“但这必须考虑土壤承载能力的问题，否则就会污染农田。这是一种看不见的污染，等发现了再恢复就很困难”。目前很大一部分沼气工程采用的原料是畜禽粪便，部分畜禽养殖业者过量使用含Zn、Cu等重金属元素的饲料添加剂，导致粪污中有害重金属超标， 沼渣用到农田中会造成严重的土壤污染，同时农产品的质量安全也受到威胁。论坛上有专家举了一个例子，多年前北京某沼气厂利用鸡粪厌氧发酵生产沼气，随后把沼渣施用到农田中。十年之后监测发现土壤镉超标10倍。

近年来，沼气工程受到更高的关注，农业部副部长张桃林曾表示：“我国具有丰富的农业生物质资源，可以能源化的资源量约为3.5亿吨标准煤，发展潜力巨大。今后国家将继续把沼气工程作为生物质能发展的战略重点，进一步完善扶持政策，拓宽原料来源和应用领域，加大建设力度，为改善农民生活和发展农村经济提供优质、清洁、可靠的能源保障。”

政策的鼓励和企业的投入，沼气工程已经有了一个良好的开端，但善始还需善终，试想，如果缺少后处理，壮大后的沼气产业又会给环境带来怎样的困扰?沼气工程主要包括三个部分，即沼气的净化、沼气的利用和后处理，任何一个环节的不到位的沼气工程，都无法称为环保工程